Ce qui est rentré dans le pokedex l'est de manière définitive. Il est déjà arrivé que des entrées "sautent" mais à cause de bugs. Mais sur le principe le pokedex c'est le reflet de tes rencontres.
Tu coches une entrée (pokemon capturé , la version chromatique, les 2 genres mâles / femelles et le graphisme avec les différences quand il y en a), ça ne doit plus bouger même si tu as supprimé le pokemon de ton, stockage.
Si tu as quand même des doutes, je t'invite à faire un test tout "con". Tu prends 2 pokemons de ton stockage.1 mâle et 1 femelle de la même espèce et tu verras bien en supprimant l'un des 2 que les cases sont toujours bien cochées.